Persipura Jayapura dipastikan tidak mengikuti AFC Champions League 2012. Ini karena keputusan mereka bergabung dengan Indonesia Super League (ISL) 2011-12 yang dikelola oleh PT Liga Indonesia.
Di Indonesia saat ini, kompetisi kasta tertinggi sepak bola nasional terbagi dua. Selain ISL, bergulir juga Indonesian Premier League (IPL) di bawah pengelolaan Liga Prima Indonesia Sportindo (LPIS). PSSI sendiri hanya mengakui IPL di mana Persipura memilih untuk tidak terlibat di dalamnya.
Selain Persipura, klub lain yang juga batal tampil adalah klub China, Liaoning Whowin. AFC memutuskan tidak mengganti posisi Persipura dan Liaoning Whowin di AFC Champions League dengan tim lain.
Dengan demikian, play-off untuk zona timur hanya diikuti tiga tim yakni Adelaide United, Pohang Steelers dan juara FA Cup Thailand.
Adelaide mendapat bye di partai play-offsehingga langsung lolos ke grup E AFC Champions League. Sedangkan pemenang antara Pohang melawan juara FA Cup Thailand akan menempati satu tempat lagi di grup E.
Berikut undian lengkap AFC Champions League
Grup A
A1. Al Rayyan (QAT)
A2. Al Jazira (UAE)
A3. Nasaf (UZB)
A4. ACL Playoff West: winner 1 or 2 (TBC)
Grup B
B1. Al Ittihad (KSA)
B2. Al Arabi (QAT)
B3. Baniyas (UAE)
B4. Pakhtakor (UZB)
Grup C
C1. Sepahan (IRN)
C2. Al Ahli (KSA)
C3. Lekhwiya (QAT)
C4. Al Nasr (UAE)
Grup D
D1. ACL Playoff West: winner 1 or 2 (TBC)
D2. Piroozi (IRN)
D3. Al Hilal (KSA)
D4. Al Gharafa (QAT)
Grup E
E1. Gamba Osaka (JPN)
E2. ACL Playoff East: winner 1 or 2 (TBC)
E3. Bunyodkor (UZB)
E4. ACL Playoff East: winner 1 or 2 (TBC)
Grup F
F1. Ulsan Hyundai (KOR)
F2. Emperor's Cup winner (JPN)
F3. Brisbane Roar (AUS)
F4. Beijing Guoan (CHN)
Grup G
G1. Tianjin Teda (CHN)
G2. Seongnam Ilhwa Chunma (KOR)
G3. Nagoya Grampus (JPN)
G4. Central Coast Mariners (AUS)
Grup H
H1. League champions (THA)
H2. Guangzhou Evergrande (CHN)
H3. Jeonbuk Hyundai Motors (KOR)
H4. Kashiwa Reysol (JPN)
